Após a fuga de Big Boss no fim de Metal Gear Solid: Ground Zeroes, um soldado nem pleno desabamento da Base Mãe quase é puxado para um buraco de minhoca que se abre acima da base. O soldado perde a consciência e acorda seis meses depois em uma instalação pertencente a Wardenclyffe Section, uma organização secreta no governo dos Estados Unidos. Os jogadores tomam o controle deste soldado com o objetivo de resgatar aqueles que foram sugados pelo buraco de minhoca meio ano antes e descobrir a cura para uma misteriosa infecção. “E você não fica de fora desta. Você já está infectado com a forma de vida que mencionei antes, ” instrui um homem da Wardenclyffe Section chamado Goodluck. Metal Gear Survive é um jogo de ação e sobrevivência em um universo alternativo. Na batalha para sobreviver e entender este novo ambiente infernal, os jogadores participam sozinhos ou conectados cooperativamente. Lutando para sobreviver, os materiais encontrados devem ser forjados em itens utilizáveis, equipamentos e armas se você quer ter alguma chance de voltar para casa.