No game, os Saints chegam à presidência dos Estados Unidos e se tornam a principal gangue do país. Contudo, a estadia na Casa Branca dura pouco, pois uma invasão alienígena surge para movimentar um pouco seu governo. O jogador é transportado para uma outra dimensão, onde os aliens podem fazer qualquer coisa, o jogador então tem que tentar sair desse mundo e voltar para o mundo verdadeiro e acabar com a invasão alienígena.